Cuenta la tradición oral que al venir a España San Eufrasio, discípulo del apóstol Santiago y Primer Obispo de Andújar, traía consigo una Imagen de la Santísima Virgen a la que rendía culto y devoción. En el siglo VII cuando Andújar fue ocupada por los Árabes, nuestros mayores escondieron la Sagrada Imagen entre unas peñas en uno de los cerros mas altos e inaccesibles de Sierra Morena para evitar su profanación.
Cinco siglos después, ya reconquistada Andújar por Fernando III el Santo, un pastor de Colomera (Granada), llamado Juan Alonso Rivas, apacentaba su ganado, cabras y ovejas, en las alturas de Sierra Morena junto a la cumbre de la Cabeza. Era cristiano sencillo y fervoroso, quizá algo entrado en años y estaba aquejado de una anquilosis o paralización total en el brazo izquierdo.
Empezaron a llamar su atención las luminarias que divisaba por las noches sobre el monte cercano a donde tenía su hato y a las que se sumaba el tañido de una campana. Finalmente quiso salir de duda y en la noche del 11 al 12 de agosto del año 1.227 resolvió llegar a la cumbre.
A su natural temor sucedió una expresión de asombro y gozo, porque en el hueco formado por dos enormes bloques de granito, encontró una imagen pequeña de la Virgen, ante cuya presencia se arrodilló el pastor y oro en voz alta entablando un diálogo con la Señora.
La Santísima Imagen le expresó su deseo de que allí se levantara un templo, enviándolo a la ciudad, para que anunciara el acontecimiento y mostrara a todos la recuperación del movimiento en su brazo y de esta forma, dieran crédito a sus palabras. Bajó a la ciudad y anunció el suceso que no tuvieron más remedio que creer ante le testimonio de su brazo curado.
Durante todo los siglos XIV y XV, y dada la fama de milagrosa que tenía Imagen, la devoción a la Stma. Virgen de la Cabeza irá creciendo, aumentando también, el número de cofrades y peregrinos que asistían anualmente a su Romería, siendo la más antigua conocida. Según Salcedo Olid, para su celebración, el pueblo de Andújar elegía anualmente a prioste, alcaldes y diputados que habían de organizar y dirigir la fiesta, así como nombraba el rector y capellanes del Santuario, sin que en estos nombramientos y elecciones pudieran intervenir ninguna autoridad.
Es en el siglo XVI, donde encontramos los primeros estatutos conocidos de la Cofradía de Ntra. Sra. de la Cabeza de Andújar y que datan de 1505, cuando el ilustre obispo de Jaén, confirmó los estatutos por los que la Cofradía venía rigiéndose desde hacía doscientos años; posteriormente en 1557 y 1565, los obispos gobernantes confirmaron solemnemente la aprobación hecha de su antecesor. Por este y otros documentos, sabemos que la Cofradía tenía un marcado carácter asistencial con sus cofrades y enfermos del Hospital de Ntra. Sra. de la Cabeza que, además gobernaba y regia en Andújar. En este lugar hacia la Cofradía sus cabildos o juntas y, en la Ermita allí construida, celebraban su fiesta el primer domingo de mayo después de la celebración en la sierra (último domingo de abril). Con la llegada del siglo XVII, la romería alcanzó su máximo esplendor. La devoción a la Santísima Virgen se pone de manifiesto a través de los siglos por escritores como Miguel de Cervantes, Lope de Vega o Pedro Calderón de la Barca.
Desde la aparición de la Imagen son numerosas las Cofradías que por toda España se formaron hasta las 69 que existían en el siglo XVII y que en otros tiempos llegaron a pasar del centenar. La Real Cofradía Matriz de Andújar es la principal de todas las existentes, tienen como titular a la Virgen de la Cabeza. En la actualidad existen más de 80 Cofradías y algunas que están en formación o reconstitución.
Ya en el siglo XVIII, la Cofradía de Andújar cesa en la administración exclusiva del Santuario en 1703, y el Real Consejo de Castilla, durante el reinado de Carlos III, suspendía y disolvía las Cofradías prohibiéndose la celebración de Romerías en el Cerro en 1773, lo que afectó notablemente a la Cofradía que perdió la mayoría de sus cofrades. Después de solicitada su reposición, el 24 de mayo de 1782, el Rey derogó lo dispuesto y se aprueban los nuevos Estatutos de la Corporación iliturgitana.
Durante el siglo XIX, la invasión francesa y sobre todo la supresión de Cofradías de toda España durante el gobierno de Mendiazabal y confiscación de todos sus bienes por el decreto de desamortización del gabinete de Espartero, en 1841, mermó más si cabe la Cofradía, que el 24 de abril de 1844 solicitaba a S.A.R. Isabel II la restitución del Santuario e Imagen de la Stma. Virgen firmándose el decreto de restitución en diciembre de ese año. Posteriormente, S.M. es nombrada Hermana Mayor perpetua y concede el título de Real a la Cofradía.